该保护区有着优越的自然环境 ,森林茂密,物种丰富,地势复杂,保护区最高海拔1254.4米,海拔超过1000米以上的山峰有20座。由于人为干扰少,其典型的南亚热带与中亚热带过渡性常绿阔叶树林里蕴藏着丰富的野生动植物资源。其中野生维管植物205科，688属、1411种，有国家重点保护野生植物8种,占全省同类植物的12.6%, 其中国家一级保护的有南方红豆杉 1 种、国家二级保护的有半枫荷等7种、野生动物中,喃乳动物17种、鸟类48种、两栖爬行类31种、国家二级重点保护的野生动物有穿山甲、虎纹娃等14种。

    大瑶山保护区内气候温和，四季如春，年均气温17度，旅游舒适期长达240天，空气负氧离子含量平均在9200个/cm，环境空气质量优。因此，进入大瑶山旅游区，人会心旷神怡，精神焕发，加上高山气候，森林中酚多精等其他因素的综合作用，成为人们健康、疗养、度假、旅游的最佳场所。