木霉在侵染初期的时候菌丝为白色，以后逐渐产生分生孢子而变成浅绿色，继而成为深绿色。木霉主要发生在菌袋未萌发的料内和没有彻底清除的耳基上，若不及时处理，菌丝扩大蔓延是非常迅速的，病区的木耳不能生长或生长不良。防治措施一般是对培养基进行彻底的灭菌，再就是菌袋在出耳期间，如果发生木霉，可以将菌袋置于阳光下暴晒1～2天，然后用千分之一到千分之二的高锰酸钾溶液，或者千分之二的多菌灵溶液喷洒消毒就可以了。 

毛霉初期的时候是浅白色，在25～35℃的条件下，其菌丝及假根长入培养基后向上伸出较长的孢子柄，顶端为黑色孢子囊，其危害是隔绝空气，争夺养分和水，分泌毒素，影响黑木耳菌丝的生长。它的防治措施可以参照木霉的防治措施，施用千分之二的高锰酸钾溶液喷洒消毒即可。 

链孢霉初期菌丝为白色，菌丝生长速度非常快，前期易在袋内产生浅黄色积水，并在袋口或塑料袋破裂处形成白色块状原基，成熟后变成桔红色粉状孢子。链孢霉主要危害就是与黑木耳菌丝争夺营养，大多在生产木耳菌袋时发生，对菌袋生产威胁很大，而且传播速度非常快。防治措施主要是黑木耳在菌袋生产的时候尽量避开高温季节，在地栽黑木耳的时候，一般是选用低温季节接菌，在接种方法上，易采用套袋法避免菌袋间互相感染，发现链孢霉应及时拣出，并在场地喷洒千分之二的多菌灵或漂白粉溶液。

木耳主要病害有木霉、链孢霉、绿霉、毛霉、曲霉、根霉等。

1接种前要对接种室、接种袋、菌种、接种工具、封口纸、消毒药品等，用甲醛每立方米10毫升和高锰酸钾5克或用护菇神每立方米3—4克董蒸消毒。

2培养料装袋后要及时灭菌，常压灭菌100度开始计算，要维持12—20小时，以保证灭菌彻底。

3严防料袋破裂感染，经常检查，发现菌种和培养料受污染应及时剔除。发现感染，要及时通风干燥，控制室温在20—22℃。

4适当提高PH值，在拌料时，加2%—3%的生石灰。