常用且效果较好的方法有以下几种：
五氯硝基苯消毒 每平方米苗圃地用75%五氯硝基苯4克、代森锌5克，混合后再与12千克细土拌匀，播种时下垫上盖，对防治由土壤传播的炭疽病、立枯病、猝倒病、菌核病等有特效。
福尔马林消毒 每平方米苗圃地用福尔马林50毫升加水10千克均匀喷洒在地表，然后用草袋或塑料薄膜覆盖，10天左右揭掉覆盖物，使气体挥发，两天后可播种或扦插。此法对防治立枯病、褐斑病、角斑病、炭疽病效果良好。
波尔多液消毒 每平方米苗圃地用等量式（硫酸铜∶石灰∶水为1∶1∶100）波尔多液2.5千克，加赛力散10克喷洒土壤，待土壤稍干即可播种或扦插。对防治黑斑病、斑点病、灰霉病、锈病、褐斑病、炭疽病效果明显。
多菌灵消毒 多菌灵能防治多种真菌病害，对子囊菌和半知菌引起的病害防治效果很好。土壤消毒用50%的可湿性粉剂，每平方米拌1.5克，可防治根腐病、茎腐病、叶枯病、灰斑病等，也可按1∶20的比例配制咸毒土撒在苗床上，能有效防治苗期病害。
硫酸亚铁消毒 用3%硫酸亚铁溶液处理土壤，每平方米用药液0.5千克，可防治针叶花木的苗枯病，桃、梅的缩叶病，兼治花卉缺铁引起的黄化病。
代森铵消毒 代森铵杀菌力强，能渗入植物体内，在植物体内分解后还有一定的肥效。用50%的水溶代森铵350倍液，每平方米苗圃土壤浇灌3千克稀释液，可防治花卉的黑斑病、霜霉病、白粉病、立枯病和球根类种球的多种病害。
